医学の名家・林家の当主・林振邦は、西洋人に取り入るため、私生児に命じて正妻を毒殺することを黙認した。
嫡子である林淵は、母の無念を晴らそうとするが、逆に腱を切られ、無縁墓地に捨てられてしまう。
しかし、彼は天医谷の沐清寒に救われ、一命を取り留めた。
四年後——医術と武術を身につけた林淵は、天医谷の主として帰還する。
折りしも司令が危篤に陥る中、林家は宝物を盗み、身分を偽って診療を行い、大惨事を引き起こしかける。
林淵は司令の命を救い、その場で林家の悪行を暴き立てた。
林家の残党は、西洋人や医界の裏切り者と結託。粗悪な薬を売りさばき、疫病を引き起こす汚水をまき散らし、中医を根絶やしにしようと謀る。
林淵は沐清寒と手を組み、共に疫病を鎮め、陰謀を粉砕する。そしてすべての奸邪を厳しく罰し、中医の尊厳を守り抜くことを誓うのだった——。