Umat manusia berlindung di benteng The Ark dari ancaman Sentinel Beasts, monster ciptaan Gaia Core. Di bawah rezim gereja yang kejam, mereka diajarkan untuk membenci para monster. Namun, gereja diam-diam menyedot energi planet hingga di ambang kehancuran. Sementara itu, mereka yang memiliki Resonance Power justru diburu dan dikorbankan.